W dniu 17.07.2018 r. doszło do pożaru w jednym z budynków magazynowych użytkowanych przez SR Nauta w Gdańsku. W budynku tym magazynowane jest wyposażenie niezbędne do bieżących prac Zakładu Nowych Budów SR Nauta. Sam budynek nie jest własnością Stoczni Nauta i jest administrowany przez spółkę Synergia. Nikt z pracowników ani współpracowników przebywających na terenie stoczni nie ucierpiał.